Фонд поддержки ВУЗов был создан как Некоммерческая организация «Фонд поддержки вузов и малых предприятий» и зарегистрирована Министерством Российской федерации по налогам и сборам 12 августа 2003 года, ОГРН 1037728037786.

 
Вследствие реформы системы образования в 2004 году, Министерству образования и науки России оказалось  невозможным профинансировать в полном объеме расходы на содержание материальной и правовой баз учебных заведений. В итоге возникла проблема оказания целевой адресной финансово-правовой помощи образовательным учреждениям. В этой связи в целях совершенствования механизмов финансирования образовательных учреждений и активизации работы по привлечению внебюджетных средств в систему образования, а также для оказания правовой поддержки высших образовательных учреждений Некоммерческая организация «Фонд поддержки вузов и малых предприятий» 11 апреля 2005 г. была переименована в Некоммерческую организацию «Фонд поддержки ВУЗов» ОГРН 1057746644515.

 
Для надзора за деятельностью Фонда создан Попечительский совет, который возглавляет Заместитель Председателя комитета Госдумы по образованию Г.К. Сафаралиев, и в который входят ответственные специалисты Министерств, агентств и служб, руководители ряда высших образовательных учреждений, а также руководители Финансовых групп.

Фонд поддержки ВУЗов выступил организатором более 30 научных конференций (16 международных), в которых приняло участие более 150 руководителей крупнейших высших учебных заведений России и стран СНГ. Большинство решений принятых на конференциях  были реализованы в законодательстве России и стран СНГ. Издано 20 сборников трудов международных симпозиумов, 1-й том сборника нормативно-правовых актов, регулирующих деятельность образовательных учреждений 2004-2006 гг. Учрежден Интернет-журнал «Образование, наука и инновации».